污水源热泵在污水处理厂应用有着诸多优势，但其使用还需注意以下问题:

1、清污防腐技术
尽管二级出水经过多级过滤以及生化处理，但是还会含有少量固体悬浮物和各种杂质，故清洁技术是该系统正常运行的关键技术，需要注意堵塞、腐蚀、结垢等方面的问题。

2、与末端系统的匹配
直接式污水源热泵系统一般在冬季提供热水温度为40～45℃，能满足风机盘管用户或者地热用户的要求；而散热器用户进水温度一般在70℃以上，热泵的出水温度不能满足其要求。

3、运行调节与监测调控
污水处理厂大规模地应用污水源热泵系统，需多台机组同时并联运行，注意在末端不同负荷条件下机组与各循环水泵的负载负荷及开启台数问题。同时，由于很难实现对系统的完全自动控制，需对系统采取自动监测与人工操作相结合的方式。

4、可靠性问题
如果污水源热泵系统应用于大面积区域的供暖或供冷，应考虑是否需要设置蓄热、蓄冷池，或者在冬季设置备用锅炉的问题。