地铁车站制冷系统综合节能改造，是一个涉及多个方面的复杂工程，旨在通过优化系统设计和运行管理，提高能源利用效率，降低能耗和运营成本。

以下是地铁车站综合节能改造的建议：

一、优化制冷机组配置

1. 采用高效节能机组：选择能效比高、制冷量大的制冷机组，如磁悬浮机组等，这些机组在部分负荷下也能保持较高的运行效率。

2. 合理配置机组容量：根据地铁车站的实际负荷需求，合理配置制冷机组的容量，避免“大马拉小车”的现象，减少不必要的能耗。

二、改进冷却水系统

1. 优化冷却塔设计：采用高效冷却塔，提高冷却效率，减少冷却水用量。同时，优化冷却塔的布置和数量，降低对周围环境的影响。

2. 采用变流量控制：对冷却水泵进行变频控制，根据系统负荷变化调整水泵转速，实现冷却水流量的动态调节，降低能耗。

三、优化空调水系统

1. 采用变水温运行：根据室外气温和室内负荷变化，调整空调水系统的供水温度，实现变水温运行。在过渡季节和夜间等低负荷时段，适当提高供水温度，减少制冷机组的能耗。

2. 优化管道设计：改进空调水系统的管道设计，减少水流阻力，提高系统运行效率。同时，加强管道的保温措施，减少热量损失。

四、加强运行管理

1. 定期维护保养：定期对制冷系统进行维护保养，检查制冷机组、冷却塔、水泵等设备的运行状况，及时更换磨损部件，保证系统的高效运行。

2. 合理控制运行时间：根据地铁车站的实际使用情况，合理控制制冷系统的运行时间。在早晚高峰时段增加制冷量，满足乘客的舒适度需求；在平峰时段和夜间减少制冷量或关闭部分机组，降低能耗。

五、采用新型节能技术

1. 热回收技术：利用制冷机组运行过程中产生的废热进行热回收，用于加热生活热水或供暖等用途，提高能源利用效率。

2. 智能控制技术：采用智能控制技术对制冷系统进行集中监控和调节，根据室内外环境参数和乘客舒适度需求自动调节制冷量、供水温度等参数，实现系统的智能化运行和管理。

六、提升乘客舒适度

1. 优化送风方式：采用合理的送风方式和送风参数（如风速、温度、湿度等），提高送风效率和质量，为乘客提供舒适的乘车环境。

2. 加强通风换气：在地铁车站内设置合理的通风换气设施，定期开启通风换气设备，保持车站内空气的新鲜度和舒适度。

综上所述，地铁车站制冷系统综合节能改造需要从多个方面入手，通过优化机组配置、改进冷却水系统、优化空调水系统、加强运行管理、采用新型节能技术以及提升乘客舒适度等措施，实现制冷系统的节能降耗和高效运行。